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带你认识与设计shRNA序列

一、认识shRNA:

在研究基因功能中,RNAi由于可以特异性地使基因沉默或表达量降低而成为生物实验中的有力工具。其中,shRNA是可以克隆至表达载体并表达siRNA双链的DNA分子。今天给大家分享两种能快速设计shRNA的方法。

二、shRNA的设计:

1. Sigma网站 

Sigma公司做了一个针对人和小鼠的shRNA库,而且部分基因的shRNA序列经过验证,因此直接使用Sigma公司已验证过的RNAi序列最为方便。

首先打开网址:http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html  出现以下界面:

以NLRP3基因为例,直接输入基因名,点击search,出现以下界面:

在Products中找到并点击shRNA选项,出现以下界面:

点击“MISSION shRNA Lentiviral Transduction Particles”这一行的“价格”,这时会弹出界面展示针对目的基因的shRNA,界面如下:

注:建议选择CDS区的shRNA,3UTR基本不选,而且选择的每一条shRNA尽量在NCBI上做下BLAST,确保靶点的特异性。

2. Life Technologies网站

Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不需要再到NCBI上Blast,直接可以使用。

首先打开网址:https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/sort.do,在Target Design Options处选中shRNA,以NLRP3基因为例,输入Accession number或Nucleotide sequence,其他条件不变:

下拉点击“RNAi Design”,出现如下页面:

选取原则:1.避免选取GGG和CCC等高GC序列 ;2.ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头,必须在紧连正义链的上游加一个G。

根据Rank评星,从中选取合适靶点序列(一般选择4条,不同位置各一条),点击Design shRNA Oligos:

然后在“Default Loop Sequence”选择合适的序列,在“Custom Loop Sequence”处输入合适的loop环序列,点击Design,即得shRNA序列。

附:维真shRNA序列设计如下:

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